ศูนย์อำนวยการน้ำแห่งชาติ แบ่งออกเป็น ๑ ฝ่าย และ ๔ กลุ่มงาน คือ

๑. ฝ่ายบริหารทั่วไป

๑.๑ ดําเนินการเกี่ยวกับงานสารบรรณ รับ-ส่งหนังสือ ร่างโต้ตอบหนังสือราชการ กลั่นกรองงาน สรุปเสนอ ผู้บริหาร จัดเก็บและทําลายเอกสาร ควบคุมและดําเนินการงานด้านทะเบียนข้อมูลข่าวสาร
๑.๒ ดําเนินการเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรบุคคลเบืองต้นของศูนย์อาํนวยการน้ำแห่งชาติ จัดเก็บ ข้อมูลการ ปฏิบัติงานของบุคลากร ข้อมูลเกี่ยวกับบุคคล เพื่อการสนับสนุนการบริหารงานบุคคลและการพัฒนาบุคคลภายใน หน่วยงาน
๑.๓ ดําเนินการเกี่ยวกับงานการเงินและบัญชีเบืองต้นของศูนย์อาํนวยการน้ำแห่งชาติ การจัดทําคําขอและควบคุม งบประมาณ ตรวจสอบการเบิกจ่ายเงินให้ถูกต้องตามระเบียบกําหนด
๑.๔ ดําเนินการเกี่ยวกับงานพัสดุ การจัดซือ จัดจ้าง การจัดทําบัญชีและการเบิกจ่ายพัสดุและครุภณัฑ์ของศูนย์ อํานวยการน้ำแห่งชาติ
๑.๕ จัดทําแผนปฏิบตัริาชการประจําปีและติดตามประเมินผลการปฏิบัติงานของหน่วยงาน
๑.๖ ดําเนินการเกี่ยวกับการบริหารความเสีย่งและการควบคุมภายในของหน่วยงาน
๑.๗ ปฏิบัติงานร่วมกับ หรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

๒. กลุ่มสารสนเทศทรัพยากรน้ำ

๒.๑ วิเคราะห์ ออกแบบ พัฒนา ระบบคลังข้อมูลทรัพยากรน้ำ
๒.๒ ศึกษา วิเคราะห์ และกําหนดมาตรฐานข้อมูลสารสนเทศด้านน้ำ
๒.๓ ศึกษา พัฒนา วางแผน ระบบการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ โดยใช้เทคโนโลยีทเ่ีหมาะสม
๒.๔ ศึกษา พัฒนา วางแผน ระบบสนับสนุนการตัดสินใจการบริหารจัดการน้ำในภาวะวิกฤติของผู้บริหาร
๒.๕ กําหนดหลักสูตรการฝึกอบรมหรือถ่ายทอดความรู้ สนับสนุนการใช้ระบบงานทีพ่ัฒนาแก่เจ้าหน้าที่หรือ หน่วยงานที่เกีย่วข้อง
๒.๖ จัดทํารายงานสถานการณ์น้ำของประเทศปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัตงิานของหน่วยงานอื่นที่ เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

๓. กลุ่มวิเคราะห์และติดตามสถานการณ์น้ำ

๓.๑ ศึกษา ออกแบบ วิเคราะห์ ติดตาม คาดการณ์ ข้อมูลด้านน้ำเพื่อการพยากรณ์สถานการณ์น้ำให้เป็นปัจจุบนั
๓.๒ ติดตาม รวบรวม การวิเคราะห์ข้อมูลสถานการณ์น้ำจากหน่วยงาน ส่วนราชการอื่นที่เกีย่วข้องกับการบริหาร จัดการน้ำ
๓.๓ ศึกษา วิเคราะห์และจัดทํา สรุปสถานการณ์น้ำเพื่อสนับสนุนการตัดสินใจของผู้บริหาร
๓.๔ ศึกษา รวบรวม วิเคราะห์การบริหารจัดการน้ำในภาวะวิกฤติ เพื่อสนับสนุนการตัดสินใจของผู้บริหาร
๓.๕ จัดทํารายงานสถานการณ์น้ำของประเทศ
๓.๖ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

๔. กลุ่มบูรณาการทรัพยากรน้ำ

๔.๑ ดําเนินการเกี่ยวกับการแลกเปลีย่นข้อมูลด้านทรัพยากรน้ำกับหน่วยงานและบูรณาการการทํางานร่วมกัน ระหว่างหน่วยงาน
๔.๒ ศึกษา วิเคราะห์ และกําหนดมาตรฐานข้อมูลสารสนเทศด้านน้ำ
๔.๓ ศึกษา วิเคราะห์ ติดตาม ข้อมูลสภาพน้ำ อากาศ น้ำฝน น้ำท่า น้ำใต้ดิน สําหรับการบริหารจัดการทรัพยากร น้ำ
๔.๔ ศึกษา รวบรวม วิเคราะห์การบริหารจัดการน้ำในภาวะวิกฤติ เพื่อสนับสนุนการตัดสินใจของผู้บริหาร
๔.๕ กําหนดหลักสูตรการฝึกอบรมหรือถ่ายทอดความรูด้า้นต่างๆ แก่เจ้าหน้าทีแ่ละหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
๔.๖ จัดทํารายงานสถานการณ์น้ำของประเทศ
๔.๗ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

๕. กลุ่มเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

๕.๑ จัดทํายุทธศาสตร์ แผนแม่บท แผนบริหารความเสีย่งและการป้องกันภัยพิบตัเิพื่อป้องกันความเสียหายทีจ่ะ เกิดขึนกับระบบเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
๕.๒ ดําเนินการเกี่ยวกับออกแบบและการบริหารจัดการระบบเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
๕.๓ ให้บริการเครือ่งคอมพิวเตอร์ อุปกรณ์โสตทัศนูปกรณ์ สนับสนุนกิจกรรมต่าง ๆ ของสํานักงานทรัพยากรน้ำ แห่งชาติ
๕.๔ จัดทําและพัฒนาระบบฐานข้อมูล ระบบเชือ่มโยงแลกเปลี่ยนข้อมูล ระบบคลังข้อมูล โปรแกรมประยุกต์ เว็บไซต์ ระบบอินเตอร์เน็ต และระบบอินทราเน็ต
๕.๕ ดําเนินการเกี่ยวกับการจัดหาและบริการการใช้งานเครื่องคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์ระบบเครือข่าย ระบบสื่อสาร ระบบงานประยุกต์ และระบบสารสนเทศของสํานักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ
๕.๖ ปฏิบัติงานร่วมกับ หรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย