สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ หรือชื่อเดิม สำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ  เป็นส่วนราชการที่อยู่ในบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อ นายกรัฐมนตรี สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี ตามมาตรา 7 แห่งพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 และที่แก้ไขเพิ่มเติม โดยจัดตั้งขึ้นตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 46/2560 เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2560 ทำหน้าที่บูรณาการข้อมูลสารสนเทศ ฝ่ายแผนงาน โครงการ ฝ่ายงบประมาณบริหารจัดการ และฝ่ายติดตามและประเมินผลการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ เพื่อประโยชน์ในการกำหนดนโยบายการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำทั้งระบบ โดยมีเลขาธิการสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติเป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุด